Το λιμάνι της Αμαθούντας ήταν προφανώς ορατό από την ακτή κατά την εποχή της κατασκευής του. Ωστόσο, οι κλιματικές αλλαγές, τα φυσικά φαινόμενα και οι ανθρώπινες επεμβάσεις τροποποίησαν τη γεωμορφολογία της παράκτιας ζώνης. Ως αποτέλεσμα, το λιμάνι είναι σήμερα πλήρως καταβυθισμένο, σε βάθος που κυμαίνεται από -1 έως -4 μέτρα, και συγκαταλέγεται στα καλύτερα διατηρημένα αρχαία λιμάνια της ανατολικής Μεσογείου. Σήμερα ο χώρος του αρχαίου λιμανιού είναι προστατευόμενη περιοχή και χρησιμοποιείται για θαλάσσια σπορ. Eξακολουθεί να προσελκύει τους ανθρώπους, όχι πλέον ναυτικούς, τεχνίτες ή λαφυραγωγούς, αλλά περιπατητές και κολυμβητές που προσθέτουν ένα νέο κεφάλαιο στη μακρόχρονη ιστορία της Αμαθούσιας ακτής, αναζητώντας την επαφή με τη θάλασσα μέσω της αναψυχής.

Το λιμάνι της Αμαθούντας αποτελεί ένα μνημείο φυσικής και πολιτιστικής κληρονομιάς καθώς ο σχεδόν περίκλειστος χώρος της λιμενολεκάνης δημιούργησε ευνοϊκές συνθήκες για την ανάπτυξη ιδιαίτερης βιοποικιλότητας. Γύρω και πάνω από τα αρχιτεκτονικά κατάλοιπα έχουν δημιουργηθεί πυκνά λιβάδια Ποσειδωνίας (Posidonia oceanica), τα οποία αποτελούν έναν πολύ σημαντικό βιότοπο για την ανάπτυξη, διατροφή, προστασία και αναπαραγωγή διαφορετικών ειδών θαλάσσιας χλωρίδας και πανίδας. Για όλους αυτούς τους λόγους, το λιμάνι σήμερα εντάσσεται στη Θαλάσσια Προστατευόμενη Περιοχή Αμαθούντας, συνολικής έκτασης περίπου 175 εκταρίων.

Η Ποσειδωνία είναι φυτό με φύλλα, στέλεχος, ρίζες και καρπό και διαφέρει σημαντικά από τα φύκια που έχουν απλά φύλλα και πολύ απλούστερη δομή. Τα λιβάδια Ποσειδωνίας, συγκαταλέγονται ανάμεσα στα σπουδαιότερα ενδημικά είδη της Μεσογείου. Έχουν χαρακτηριστεί ως ‘ο πνεύμονας της Μεσογείου’, καθώς συμβάλλουν τα μέγιστα στην παραγωγή οξυγόνου, όπως κάνουν τα δάση στην ξηρά. Παράλληλα δεσμεύουν υπερδιπλάσια ποσότητα διοξειδίου του άνθρακα ανά επιφάνεια, σε σχέση με τα επίγεια δάση.

Τα λιβάδια Ποσειδωνίας λειτουργούν και ως ιζηματοπαγίδες, και έχουν τη δυνατότητα να συγκρατούν τα αιωρούμενα σωματίδια και να μειώνουν τις συγκεντρώσεις διάφορων ρύπων στο νερό. Το πυκνό τους φύλλωμα, που μπορεί να φτάσει μέχρι και το 1 μέτρο ύψος, απορροφά σημαντικό μέρος της δυναμικής ενέργειας των κυμάτων και δημιουργεί ένα φυσικό τείχος ενάντια στη διάβρωση των ακτών. Ταυτόχρονα, το δίκτυο του ριζικού τους συστήματος που εισχωρεί βαθιά στο ίζημα της θάλασσας, συμβάλλει στον περιορισμό της κλιματικής αλλαγής καθώς απορροφά τεράστιες ποσότητες διοξειδίου του άνθρακα.

Στο λιμάνι της Αμαθούντας αναπτύσσονται ποικίλα είδη χλωρίδας. Πάνω στα αρχιτεκτονικά κατάλοιπα του αρχαίου λιμανιού και στα φύλλα ή ανάμεσα στους βλαστούς της Ποσειδωνίας προσκολλώνται μακροφύκη διαφορετικών ειδών τα οποία, με τη σειρά τους, παρέχουν τροφή και καταφύγιο σε ένα σημαντικό αριθμό ειδών θαλάσσιας πανίδας.

Ανάμεσα στους πυκνούς βλαστούς αναπτύσσονται βιοκοινότητες ασπόνδυλων όπως σπόγγοι, κνιδοζώα, πολύχαιτοι, ασκιδία, και εχινόδερμα. Τα λιβάδια προσελκύουν επίσης πληθώρα νεαρών και ενήλικων ψαριών καθώς και άλλα είδη πανίδας, που χρησιμοποιούν τον χώρο για αναπαραγωγή, προστασία και τροφοληψία.