Οι κλιματικές αλλαγές και τα φυσικά φαινόμενα επιφέρουν έντονες και συνεχείς μεταβολές στην ακτογραμμή. Αυτές γίνονται περισσότερο αντιληπτές όταν υπάρχουν ανθρώπινες δραστηριότητες οι οποίες επηρεάζουν και συχνά αλλοιώνουν τη φυσική μορφολογία της παράκτιας ζώνης. Η έρευνα στην Αμαθούντα έχει εντοπίσει πολύτιμους δείκτες τέτοιων μεταβολών που αποδεικνύουν αυτά τα φαινόμενα κατά τη μακρά ιστορία της περιοχής.
Πηγάδια: Στη ρηχή ζώνη κατά μήκος της ακτογραμμής της Αμαθούντας (βάθος -0,60 έως -0,95μ.) έχουν εντοπιστεί έξι κτιστά πηγάδια, ενώ υπάρχουν ενδείξεις και για την ύπαρξη περισσοτέρων. Τρία από αυτά βρίσκονται εντός της λιμενολεκάνης και έχουν ανασκαφεί. Πηγάδι 1, Πηγάδι 2, Πηγάδι 3). Άλλα τρία (Πηγάδια 4, 5, 6) βρίσκονται σήμερα μπροστά στη Νοτιοανατολική Βασιλική, κάτω από τους ογκόλιθους που τοποθετήθηκαν πρόσφατα για τη θωράκιση του πρανούς κατά της διάβρωσης. Γνωρίζοντας οτι τα πηγάδια αυτά είχαν αρχικά χτιστεί στην ξηρά (μέχρι τον 4ο αιώνα π.Χ.) και παρέμειναν σε λειτουργία κατά την Ύστερη Αρχαιότητα (5ος – 7ος αι. μ.Χ), αποτελούν αδιαμφισβήτητους δείκτες μεταβολών της ακτογραμμής και της στάθμης της θάλασσας. Ωστόσο, η χρονική στιγμή της καταβύθισής τους, καθώς και οι φυσικές διεργασίες που οδήγησαν σε αυτή, παραμένουν υπό διερεύνηση.
Ακτόλιθος: Πρόκειται για κλαστικό ιζηματογενή σχηματισμό, που δημιουργείται από την απόθεση αιωρούμενων υλικών αποσάθρωσης στη παλιρροιακή ζώνη, στο σημείο δηλαδή όπου το νερό της θάλασσας καλύπτει την ακτογραμμή. Στο μέσον περίπου της λιμενολεκάνης έχουν εντοπιστεί σχηματισμοί ακτολίθου, με προσανατολισμό από ανατολή προς δύση, παράλληλα προς τη σύγχρονη ακτογραμμή. Αποτελούν ασφαλή γεωμορφολογικό δείκτη αλλαγής της θαλάσσιας στάθμης, αφού σήμερα βρίσκονται πλέον κάτω από την επιφάνεια της θάλασσας (σε βάθος -1μ.) και όχι στην παλιρροιακή ζώνη.
Διάβρωση: Η διάβρωση είναι η φυσικοχημική διεργασία κατά την οποία προκαλείται η διάλυση των παράκτιων πετρωμάτων, λόγω φυσικών συνθηκών ή/και ανθρωπογενών επεμβάσεων. Το λιμάνι της Αμαθούντας βρίσκεται ανάμεσα σε δύο ακταία μνημεία διαφορετικών περιόδων, το Νοτιοδυτικό Τείχος και τη Νοτιοανατολική Βασιλική, που έχουν υποστεί ευδιάκριτες αλλοιώσεις εξαιτίας της διάβρωσης. Περπατώντας κανείς κατά μήκος της ακτής, μπορεί να διακρίνει και άλλα κατάλοιπα, όπως τοίχους και στρώματα αρχαιολογικού υλικού που διακόπτονται απότομα, διότι η συνέχειά τους προς τη θάλασσα έχει καταρρεύσει λόγω της διάβρωσης του πρανούς.
Πρόσχωση: Η πρόσχωση λιμένων προκαλείται από αυξημένες συγκεντρώσεις ή/και αποθέσεις ιζήματος. Κατά την αρχαιότητα ήταν συχνό φαινόμενο και σχετιζόταν με τέσσερις κύριες πηγές παραγωγής και μεταφοράς ιζήματος: (1) τοπικές υδάτινες οδοί (ποταμοί), (2) παράλληλα προς την ακτή θαλάσσια ρεύματα, (3) διάβρωση και (4) απόθεση αστικών αποβλήτων στη λιμενολεκάνη. Το πρώτο λιμάνι της Αμαθούντας εγκαταλείφθηκε λόγω πρόσχωσης, ο ρυθμός της οποίας ίσως να αυξήθηκε μετά την κατασκευή του εξωτερικού λιμανιού.
Σεισμική δραστηριότητα: Η Κύπρος βρίσκεται στο σημείο σύγκρουσης των τεκτονικών πλακών της Αφρικής και της Ευρασίας, με αποτέλεσμα να έχουν σημειωθεί πολυάριθμοι σεισμοί στην ιστορία της, κάποιοι από τους οποίους ιδιαίτερα καταστρεπτικοί. Όπως και τα υπόλοιπα μνημεία της Αμαθούντας, το λιμάνι έχει επηρεαστεί από πολλαπλούς σεισμούς που ίσως προκάλεσαν ρωγμές και μετακινήσεις στην κατασκευή, λόγω καταβύθισης ή ανύψωσης του πυθμένα.