Έχει διατυπωθεί η υπόθεση ότι το εξωτερικό λιμάνι κατασκευάστηκε μεταξύ των ετών 312/311 και 294 π.Χ., όταν η Κύπρος μετατράπηκε σε θέατρο συγκρούσεων μεταξύ των Διαδόχων του Μεγάλου Αλεξάνδρου, Πτολεμαίου Α’ Σωτήρος και του Αντίγονου του Μονόφθαλμου, οι οποίοι πολεμούσαν για την επικράτησή τους στα εδάφη της Ανατολικής Μεσογείου. Με τις αναμετρήσεις στη θάλασσα να κρίνουν σε μεγάλο βαθμό τον νικητή των πολέμων, ο ασφαλής ελλιμενισμός των στόλων απέκτησε γεωστρατηγική σημασία. Στο πλαίσιο αυτό εντάσσεται η υπόθεση ότι το λιμάνι της Αμαθούντας σχεδιάστηκε ως ναυτική βάση. Η στενή είσοδος, με άνοιγμα 20 μέτρα, συνηγορεί στην ερμηνεία αυτή. Εντούτοις, δεν μπορεί να αποκλειστεί η χρήση του και ως εμπορικό λιμάνι (κάντε κλικ στο + για να δείτε ένα μοντέλο 360° του λιμανιού).

Υπάρχουν βάσιμες ενδείξεις ότι το έργο δεν μακροημέρευσε ή ότι δεν ολοκληρώθηκε ποτέ. Αν και τα αίτια της εγκατάλειψής του παραμένουν ασαφή, η πρόσχωση θα πρέπει να έπαιξε σημαντικό ρόλο. Αν επρόκειτο για φυσικό φαινόμενο, η έλλειψη σχετικής πρόνοιας σε έργο τέτοιου μεγέθους εγείρει ερωτηματικά. Σύμφωνα με μία άλλη υπόθεση, που παραμένει δύσκολο να εξακριβωθεί, η πρόσχωση ίσως ήταν αποτέλεσμα ανθρωπογενούς επέμβασης: εάν το λιμάνι ήταν έργο του Δημήτριου Πολιορκητή, γιού του Αντίγονου, ο Πτολεμαίος Α’ μπορεί να το έθεσε σε αχρηστία μετά την οριστική επικράτησή του στο νησί το 294 π.Χ. Δεν αποκλείεται επίσης, η μοίρα του μεγαλόπνοου αυτού έργου να σφραγίστηκε από έναν ατυχή συνδυασμό φυσικών φαινομένων και πολιτικών αποφάσεων.

Το λιμάνι της Αμαθούντας έχει σήμερα μέγεθος τριών εκταρίων (περίπου 30.000 τμ). Τρεις λιμενοβραχίονες σχηματίζουν μαζί με την ακτή μία τραπεζιόσχημη λιμενολεκάνη, με τη στενή πλευρά προς το πέλαγος. Ο ανατολικός και ο δυτικός λιμενοβραχίονας είναι κάθετοι προς την ακτή και ο νότιος παράλληλος προς αυτήν. Στην εσωτερική πλευρά των λιμενοβραχιόνων υπήρχαν αποβάθρες, κατασκευασμένες από στρώσεις μπατικών λαξευμένων λίθων (κυβόλιθων), ενώ συγκεντρώσεις ογκολίθων σχημάτιζαν κυματοθραύστη στην εξωτερική πλευρά του νότιου λιμενοβραχίονα. H είσοδος, πλάτους περίπου 20 μέτρων, βρίσκεται στο νοτιοανατολικό άκρο του λιμανιού, προστατευμένη από τους επικρατούντες δυτικούς - νοτιοδυτικούς άνεμους. Στο σημείο αυτό, οι απολήξεις του νότιου και του ανατολικού λιμενοβραχίονα σχηματίζουν γωνία (κάντε κλικ στο +) προς τα νότια και ανατολικά αντιστοίχως.

Υπολογίζεται ότι για την κατασκευή του λιμανιού χρησιμοποιήθηκαν περίπου 5.000 κυβόλιθοι. Πιθανότατα προέρχονταν από τα λατομεία της περιοχής, στην παρακείμενη ακτή δυτικά του λιμανιού και βορειοανατολικά, στον γειτονικό λόφο Βίκλες. Το μήκος τους κυμαινόταν από 1 έως 3 μέτρα και ζύγιζαν από 1 έως 4 τόνους. Τα διαφορετικά μεγέθη ίσως εξυπηρετούσαν κατασκευαστικές ανάγκες ή απλώς προέκυπταν από τη διαμόρφωση του φυσικού βράχου στα παρακείμενα λατομεία.

Δύο έως και οκτώ στρώσεις μπατικών κυβόλιθων έχουν εντοπιστεί σε διαφορετικά σημεία των λιμενοβραχιόνων, ενώ στην απόληξη του νότιου λιμενοβραχίονα σώζονται εναλλασσόμενες σειρές δρομικών και μπατικών λίθων, οι οποίες προσέδιδαν επιπλέον ανθεκτικότητα στην κατασκευή.

Στις στενές πλευρές των κυβολίθων αφήνονταν συχνά ‘αγκώνες’ δηλαδή προεξοχές για την πρόσδεση του σχοινιού ανάρτησης κατά τη μεταφορά και την τοποθέτησή τους στην τελική τους θέση, με τη χρήση ανυψωτικών μηχανών. Στην Αμαθούντα έχουν καταγραφεί έξι διαφορετικοί τύποι αγκώνων.

Ο τρόπος θεμελίωσης των λιμενοβραχιόνων δεν έχει ακόμη τεκμηριωθεί πλήρως. Είναι πιθανόν να είχαν κατασκευαστεί πάνω σε ένα στρώμα από χαλίκια και λίθους που τοποθετήθηκε απευθείας στον πυθμένα. Αυτή η πλημμελής μέθοδος θεμελίωσης ίσως να οδήγησε σε μερική βύθιση της κατασκευής, υπό το ίδιο της το βάρος.